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ubuntuのキーボード配列設定は、ログイン時のパスワード入力に関わるシステム全体の設定とログイン後の各ユーザごとのunityの設定の2段階に分かれています。
例えば、全体をUS配列として、ログイン後はJIS配列とすることが可能です。このため、キーボード交換にともない、配列を変えたいとき、このことを知らないと混乱することになります。

・システム全体の設定
コマンドプロンプト上で、下記を実行し変更することができます。

sudo dpkg-reconfigure keyboard-configuration

JIS配列の場合、下記設定で良いでしょう。

Keyboard model: Generic 105-key (Intl) PC
Country of origin for the keyboard: Japanese
Keyboard layout: Japanese
Key to function as AltGr: The default for the keyboard layout
Compose Key: No compose key
Use Control+Alt+Backspace to terminate the X server? <No>

・unityの設定

日本語(mozc)は日本語入力のみの設定であり、キーボード配列については「日本語」を加える必要があります。

JIS配列の場合、unityの設定「地域と言語」で、「日本語(mozc)+日本語」とします。

なお、us配列の場合は、「日本語(mozc)+英語us」でよいでしょう。